蓮花山自然保護區(qū)地處臨夏回族自治州、甘南藏族自治州、定西市的康樂、臨潭、卓尼、渭源、臨洮五縣交界地帶。該保護區(qū)屬于自然生態(tài)系統(tǒng)類別中的森林生態(tài)類型，主要保護目標為森林生態(tài)系統(tǒng)及其生物多樣性。

蓮花山自然保護區(qū)是我國西部黃土高原向青藏高原過渡地帶亞高山針葉林的重要組成，是黃河上游的綠色寶庫，其森林植被在調節(jié)氣候、涵養(yǎng)水源、防止水土流失、維持生態(tài)平衡、保障洮河中下游社會經(jīng)濟可持續(xù)發(fā)展、維護國家生態(tài)安全方面具有重要作用。同時，蓮花山保護區(qū)位于我國重要的候鳥遷徙帶上，豐富的生物資源成為青藏高原向黃土高原過渡地帶的基因庫，具有重要的生物多樣性保護和研究價值，而完整的生態(tài)系統(tǒng)在調節(jié)氣候、涵養(yǎng)水源、維持黃河中上游生態(tài)平衡、保障黃河中下游社會經(jīng)濟可持續(xù)發(fā)展、維護國家生態(tài)安全方面具有重要意義。

保護區(qū)內生物多樣性豐富，共有維管植物98科368屬928種。其中，蕨類植物13科20屬36種（含1變種）；種子植物85科348屬892種，列入國家二級重點保護野生植物獨葉草、紅花綠絨蒿、桃兒七、四裂紅景天、甘肅桃、秀麗假人參、羽葉點地梅、甘肅貝母、七葉一枝花、西藏杓蘭、褐花杓蘭、毛杓蘭、無苞杓蘭和西南手參等14種；有地方特色生物珍稀植物蓮花山黃芪、蓮花山堇菜、多節(jié)雀麥、裂瓣穗狀報春、截萼毛建草等11種，其中模式標本采集蓮花山保護區(qū)的有7種；野生動物28目65科171屬290種。列入國家重點保護野生動物41種，其中國家一級保護動物斑尾榛雞、雉鶉等7種，二級保護動物斑羚、狍、藍馬雞、血雉等33種。三有動物（有益或者有重要經(jīng)濟、科學研究價值）137種，分布有中國特有鳥類斑尾榛雞、綠尾虹雉、黑額山噪鹛等16種。

近年來，蓮花山保護區(qū)一以貫之把習近平生態(tài)文明思想作為統(tǒng)領保護區(qū)工作的“綱”和“魂”，堅持以資源保護為中心，以林長制促進林長治，堅決扛起筑牢生態(tài)安全屏障、厚植綠色發(fā)展底色的政治責任，堅定走生態(tài)優(yōu)先、綠色發(fā)展之路，以“林長制”促“林長治”，建立完善林長制制度體系和運行機制，健全常態(tài)化巡護制度和網(wǎng)格化管理體系,以“長”為核心履職盡責，以“制”為根本探索創(chuàng)新，不斷健全林長制工作機制，突出抓好黃河流域生態(tài)保護治理，持續(xù)推進生態(tài)保護和修復，確保森林面積和蓄積量雙增長，實現(xiàn)了43年無盜伐林木、無獵捕野生動物、無亂采濫挖、無亂占林地、無森林火災、無重大林業(yè)有害生物發(fā)生的“六無”目標，資源保護持續(xù)向好、生態(tài)環(huán)境好中向優(yōu)的態(tài)勢進一步顯現(xiàn)。

蓮花山保護區(qū)先后被國家林業(yè)局列為全國林業(yè)系統(tǒng)51家國家級示范保護區(qū)建設單位之一；被中國人與生物圈國家委員會納入中國生物圈保護區(qū)網(wǎng)絡成員單位；被甘肅省委省政府授予“省級文明單位”稱號；被中國動物學會鳥類分會評為“中國瀕危雉類研究基地”；被中國林學會認定為“第四批、第五批全國林草科普基地”；被共青團甘肅省委、甘肅省生態(tài)環(huán)境廳、甘肅省林業(yè)和草原局、甘肅省農業(yè)農村廳、甘肅省青年聯(lián)合會共同授予甘肅省青少年生態(tài)文明教育實踐基地稱號；2022年，蓮花山保護區(qū)在黃河流域8省區(qū)82家國家級自然保護區(qū)管理評估中榮獲全國“第一”的優(yōu)異成績，受到甘肅省林草局的通報表彰。